Inició su carrera como escritor con libros de no ficción. Su primer libro apareció en 1982.
A Higher Form Of Killing, un estudio sobre la guerra química y biológica, fue escrito con un compañero y amigo periodista de la BBC, Jeremy Paxman. Le siguieron otras obras de no ficción:
Gotcha, the Media, the Government and the Falklands Crisis (1983),
The Making of Neil Kinnock (1984),
Selling Hitler (1986), una investigación del escándalo de los
Diarios de Hitler, y
Good and Faithful Servant (1990), un estudio de Bernard Ingham, secretario de prensa de Margaret Thatcher.
La primera novela superventas de Harris fue
Patria (Fatherland) en 1992, una historia alternativa ambientada en un mundo en el que Alemania había ganado la Segunda Guerra Mundial, que obtuvo un gran éxito de crítica y público, lo que le permitió dedicarse plenamente a ser novelista.
En 1995 publicó
Enigma, en la que se inspiró la película homónima de 2001. Esta novela está inspirada en hechos acontecidos durante la Segunda Guerra Mundial, en especial en la máquina criptográfica enigma que los alemanes llevaban en sus submarinos.
En 1998 publicó
El hijo de Stalin que fue adaptada a una mini serie de 2006 protagonizada por el actor Daniel Craig.
En 2003 Harris fijó su atención en la Antigua Roma con su aclamada
Pompeya, inspirada en la erupción del Vesubio. Le siguió, en el año 2006, la primera novela de una trilogía:
Imperium (2006)
centrada en la vida del gran orador romano Cicerón. En esta novela se cuenta parte de la biografía de Cicerón, centrándose en el caso del gobernador de Sicilia, Cayo Verres, y cómo logra el consulado.
Conspiración (2010), sobre la época en que Cicerón era cónsul de Roma y para terminar su trilogía publicó
Dictator
Ficción política contemporánea
En 2007
El poder en la sombra (The Ghost), el fantasma, se refiere tanto a un «negro» profesional (ghost-writer en inglés), cuyo largo memorándum forma la novela, y a su inmediato predecesor quien, al empezar el relato, se ahoga en circunstancias truculentas y misteriosas, mientras estaba trabajando como «negro» escribiendo la autobiografía de un primer ministro recientemente derribado. La contrapartida en la ficción de Cherie Blair está representada como una siniestra manipuladora de su marido. Tan sorprendentes son las acusaciones implícitas del roman à clef que, de haber implicado a una figura de menos relevancia y a un novelista menos destacado que Harris, las leyes antilibelo del Reino Unido podían haber hecho impublicable la novela. Harris dijo a The Guardian antes de su publicación: «El día en que este libro se publique, un mandato judicial podría cruzar la puerta. Pero lo dudo, conociéndolo.» El thriller adquiere un atractivo añadido por el hecho de que Harris fue anteriormente un entusiasta partidario de Blair y donante de fondos al Nuevo Laborismo.
En 2011 publica el thriller
“El Índice Del Miedo”, gira en torno a una intriga financiera. Más tarde publicó
“Múnich” (2017), sobre el encuentro entre Adolf Hitler y Neville Chamberlain para intentar evitar la guerra tras la amenaza de los nazis para invadir Checoslovaquia en el año 1938.